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O CECAV foi instituído em 5 de junho de 1997, como Centro Especializado voltado ao Estudo, Proteção e Manejo de Cavernas, enquadrado na categoria de Unidade Descentralizada do IBAMA. Sua criação ensejou uma série de apelos e considerações que, formuladas pela sociedade brasileira, foram encaminhados ao Congresso Nacional, visando à efetiva implantação e estruturação deste Centro.
Em 2007, com a criação do Instituto Chico Mendes, por meio da Lei nº 11.516, de 28/08/2007, e a definição de suas competências e finalidades, pelo Decreto nº 6.100, de 26/04/2007, a maioria dos Centros Especializados do IBAMA foi incorporada à estrutura organizacional do novo Instituto, dentre eles o CECAV.
Publicada no Diário Oficial da União, de 04 de setembro de 2009, a Portaria nº 78/2009, do Instituto Chico Mendes, criou os Centros Nacionais de Pesquisa e Conservação, com objetivo de reconhecê-los como unidades descentralizadas. A partir de então, o CECAV passou a ser denominado Centro Nacional de Pesquisa e Conservação de Cavernas e está vinculado à Diretoria de Pesquisa, Avaliação e Monitoramento da Biodiversidade do Instituto.
Posteriormente, a Portaria nº 16, de 02/03/2015 atualizou a denominação, localização e atribuições dos Centros Nacionais de Pesquisa e Conservação no âmbito do Instituto Chico Mendes.
Ao longo de sua existência, o CECAV construiu uma identidade e conquistou espaço, criou laços com os mais diversos segmentos da sociedade, atuando de forma conjunta com os diferentes entes que compõem o SISNAMA e atendendo às determinações ministeriais para condução dos processos de discussão interinstitucionais, especialmente voltados ao atendimento da legislação ambiental relativa ao Patrimônio Espeleológico. Em consequência, hoje o CECAV é reconhecido como principal responsável pela conservação do Patrimônio Espeleológico Nacional, destacando-se como interlocutor governamental no campo da espeleologia.
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